Alors souvent on te donne le poids de la protéine dans l’énoncé, sinon:

– en gel non dénaturant il y a TOUJOURS une seule bande, c’est le POIDS TOTAL de la protéine. (changement de l année 2012, il ne considere plus que c’est le poids car ça dépend aussi du PHi)

– en gel dénaturant (SDS) sans agent réducteur, dénaturer signifie casser les liaisons faibles entre monomères donc en gel dénaturant sans agent réducteur tu auras le poids du ou des MONOMERES (ou sous unités c’est pareil), et donc leur nombre éventuel.

-En gel dénaturant avec agent réducteur (beta mercaptoéthanol), tu vas couper (réduire) les ponts disulfures qu’il y avait dans ces sous unités donc tu vas avoir le nombre de CHAINES PEPTIDIQUES et donc le nombre de PONTS DISULFURES INTERCATENAIRES (un pont disulfure qu’il soit inter ou intracaténaire a besoin de 2 cystéines pour se former). Tu ne sauras pas le nombre de ponts intracaténaires avec agent réducteur sauf si on te donne le nombre de cystéines dans le peptide au départ (si y’a 13 cystéines et que tu trouves 6 ponts intercaténaires donc 12 cystéines, la 13eme ne donne aucun pont car elle est seule donc y’a zéro pont intracaténaire).

Avec des exemples:

Soit une protéine qui est à 100 kDa en non dénaturant, à 50 en dénaturant et à 25 en dénaturant avec agent réducteur, et qui possède 8 cystéines. Combien a t-elle de monomères? De chaînes peptidiques? de ponts inter? combien il pourrait avoir de ponts intra?

Réponse: elle pèse 100 kDa, a 2 sous unités de 50 kDa (2×50=100) donc c’est un dimère, chaque monomère de 50 est divisé en 2 chaînes de 25 (d’où l’unique bande à 25) donc y’a 2 ponts intercaténaires (4 chaînes) donc 4 cystéines utilisées. Vu qu’il a 8 cystéines on peut encore en utiliser 4 et former 2 ponts intra.

Autre exemple plus complexe: Une protéine de poids 350 kDa qui donne une bande à 100 et à 50 en dénaturant simple, et une bande à 50 en dénaturant avec agent réducteur.

Pour la dénaturation simple, tu peux avoir:

3 de 100 et une de 50 (tétramère)

2 de 100 et 3 de 50 (pentamère)

1 de 100 et 5 de 50 (hexamère)

Pour le dénaturant avec agent réducteur tu as donc 7 chaînes de 50 (7×50=350). Si on prend le premier cas de la dénaturation simple ça fera 3 ponts inter dans les 3 de 100. Si on prend le 2eme cas ça fera 2 ponts inter dans les 2 de 100. Si on prend la 3eme ça fait un pont inter car une de 100. Donc au minimum t’as 1 pont inter, au max t’en as 3. Donc t’as au minimum 2 cystéines, au maximum 6.

Si je t’avais dit que le peptide avait 6 cystéines soit il aurait eu 0 pont intra pour la première possibilité, soit 1 pour la 2eme, soit 2 pour la 3eme.

Tu as saisi? Si non, viens en salle tuto cet aprem^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG