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[UE 1] Traduction | Initiation | Séquence Kozak RBS?
Question
alinazerbi
Membre
Pharmacie Montpellier
Bonjour,
Je ne comprends pas bien pourquoi Cornillot a écrit « RBS » pour la séquence Kozak. Il a expliqué que RBS signifiait « site de fixation du ribosome ». Dans ce cas, ne considère-t-on pas que le RBS est la coiffe? Ou est-ce qu’il considère que le ribosome est fixé lorsque les 2 sous unités sont fixées? Ce qui du coup va un peu en contradiction avec le fait que la séquence Shine-Delgarno soit le RBS non?
J’avoues que je suis un peu perdue là… Quand est-ce que l’on considère que le ribosome est fixé et quel est le site de fixation pour les procaryotes et eucaryotes?
Merci de votre réponse!
Paralinazerbile13/12/2013 à 10h16 Non respect de la charte
Réponses
Alex-Bioch
Tuteur responsable
Pharmacie MontpellierBonjour,
Chez les procaryotes :
L’initiation de la traduction se fait par recrutement du facteur IF3 qui amène la petite sous-unité du ribosome jusqu’à l’extrémité 5′ de l’ARNm. A cette étape, IF3-petite SU scanne l’ARNm jusqu’à trouver sa séquence spécifique de fixation précédant le codon initiateur, c’est la séquence de SHINE-DELGARNO. Une fois trouvée, IF2-GTP-fMet-ARNt est recruté et apporté au niveau du codon initiateur et la grande sous unité vient encapsuler le tout.
Résumé : la petite SU recherche sa séquence RBS de SHINE-DELGARNO voisine du codon initiateur. A coup sur le ribosome est bien placé pour démarrer la traduction.
Chez les eucaryotes
Le principe est le même, si ce n’est que les ARNm eucaryotes ont subi une maturation en 5′ (coiffe 7-méthyl-guanosine) reconnue par eIF4, et une maturation en 3′ (poly-A) prise en charge par PABP. L’interaction eIF4-PABP permet une mise en place stable de l’ARNm pour que sa traduction soit efficace et rapide. Le facteur eIF3 effectue le même rôle que chez les procaryotes et scanne l’ARNm jusqu’à sa séquence RBS qui chez les eucaryotes est la séquence de KOZAK. Puis eIF2-GTP-Met-ARNt est recruté, et enfin la grande SU vient encapsuler le tout. Le ribosome est correctement placé et prêt à l’élongation de la chaîne.
Ai-je répondu à ta question ?
Bonnes révisions !
Alexandre Trouillard – UFR Pharmacie
Tuteur Qualifié de Biochimie structurale & métabolique (UE1)
ParAlex-Biochle13/12/2013 à 10h28 Non respect de la charte
alinazerbi
Membre
Pharmacie MontpellierOuhla je n’avais pas du tout compris ça…
Procaryotes: je pensais simplement que la SU 30S + IF1 et IF3 se positionnait sur la séquence Shine Delgarno puisqu’il y avait interaction avec l’ARNr 16S. Et après effectivement recrutement de ARNti+IF2. Mais je ne savais pas qu’il y avait un « balayage » pour retrouver la séquence SD consensus. Est-ce qu’on parle aussi de « balayage » pour les procaryotes?
Eucaryotes: séquence PABP? Je croyais que c’était un recrutement de la SU 40S au niveau de la coiffe grâce à eIF4+ protéines CBC? Et je n’ai pas écrit eIF2 et eIF3 dans mon cours… J’ai simplement mis « balayage 5’UTR, jusqu’au codon AUG qui se trouve dans la séquence Kozak. Lorsque AUG est reconnu, recrutement 60S+eIF5+eIF6 »
Qu’est-ce qui est juste/faux dans ce que j’ai mis?
Paralinazerbile13/12/2013 à 11h04 Non respect de la charte
Alex-Bioch
Tuteur responsable
Pharmacie MontpellierPour l’histoire du balayage tu as tout compris. C’est juste une histoire de mécanisme. Ta petite SU ne va pas tomber nickel sur la séquence, elle part de l’extrémité 5′ et scanne l’ARNm jusqu’à ce qu’elle trouve sa séquence RBS. Eucaryote et procaryote fonctionnent de la même manière.
Oui tu as raison pour eIF4 + CBC, mais il ne faut pas oublier l’importance de la queue poly-A. Cette queue poly-A va recruter une protéine, PABP (Poly-A-Binding-Protein), qui joue un rôle dans la mise en place des polyribosomes eucaryotes. Tu auras recrutement de tes SU au niveau 5′ c’est vrai, mais il faut bien apporter l’ARNt au niveau du site A ! Et cela est fait par eIF2-GTP, c’est la diapo juste après celle qui parle de la séquence SD…
Sinon pour le reste tu as compris me semble-t-il
Alexandre Trouillard – UFR Pharmacie
Tuteur Qualifié de Biochimie structurale & métabolique (UE1)
ParAlex-Biochle13/12/2013 à 11h17 Non respect de la charte
Quantum
Tuteur simple
Médecine MontpellierBonjour
Citation : Procaryotes: je pensais simplement que la SU 30S + IF1 et IF3 se positionnait sur la séquence Shine Delgarno puisqu’il y avait interaction avec l’ARNr 16S. Et après effectivement recrutement de ARNti+IF2. Mais je ne savais pas qu’il y avait un « balayage » pour retrouver la séquence SD consensus. Est-ce qu’on parle aussi de « balayage » pour les procaryotes?
Oui, c’est totalement ça. Je n’aurais pas pu mieux te l’expliquer. Il y a recrutement par la séquence de la petite sous unité qui porte le IF1 et 3. IF2 est porté par l’ARNt initiateur (fMet ou fVal Attention !!!! Exception importante procaryote), et arrive donc apres fixation de la petite sous unité.
Citation :Eucaryotes: séquence PABP? Je croyais que c’était un recrutement de la SU 40S au niveau de la coiffe grâce à eIF4+ protéines CBC? Et je n’ai pas écrit eIF2 et eIF3 dans mon cours… J’ai simplement mis « balayage 5’UTR, jusqu’au codon AUG qui se trouve dans la séquence Kozak. Lorsque AUG est reconnu, recrutement 60S+eIF5+eIF6 »
En fait eIF4 va se fixer sur ta coiffe et recruter ta petite sous unité qui balaye, et avec elle eIF1 et 3. Mais elle est balaye avec l’ARNt initiateur qui porte eIF2.
Il n’y a pas de balayage chez les procaryotes. Car un ribosome doit pouvoir se fixer à plusieures endroits d’initiation pour traduire les différentes protéines portées par un meme ARNm.
Bonne journée
Tuteur Stagiaire en UE1
ParQuantumle13/12/2013 à 11h19 Non respect de la charte
alinazerbi
Membre
Pharmacie Montpellier
Merci!
Paralinazerbile15/12/2013 à 21h33 Non respect de la charte
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